其实万燝和魏忠贤是早就结了仇的，早在天启元年，他任工部虞衡员外郎时，便曾与魏忠贤发生过冲突。
事情的起因是当时工部铸钱缺铜，万燝听说内府中废铜堆积如山，便向主管太监提出借用一下。内府主管太监不敢擅做主张，便请示魏忠贤，魏忠贤当时刚任提督东厂太监，对于工部借铜这等大事也不敢擅做主张，于是他同样也去请示天启。天启听后却表示不同意，并不满地说：“外臣怎么能随意窥探、干预内宫的事情？”
天启发话不同意，魏忠贤自然照做。万燝知道后却很是生气，他不敢骂皇帝，便认为这是魏忠贤在蒙骗皇，于是他疏天启，说魏忠贤家里珠玉满箱、金银满屋，什么奢求得不到，什么**不能满足？内府那些破废铜器，肯定入不了他眼，当不了他心，谁知他却百般阻挠，节外生枝，不愿工部借用。又说他把握天下的利权，又一步步独揽天下的政权，蓄谋甚毒，臣已窥见他在暗中得意狂笑…
万燝这疏得很不厚道，可以说是东林党人的通病，那就是夸大其辞，污蔑害人。因为那时候，宫里还不是魏忠贤一人说了算，面还有王安呢。而且外朝也是“众正盈朝”，到六部九卿，下到各科小吏，全是他们东林党人把持着，你让魏忠贤到哪去揽天下政权？而且魏忠贤也没什么私人府邸，人还是窝在宫里，他那在东安胡同的府邸可是最近才买来的，之前可一直住在宫里，哪来什么珠玉满箱，金银满屋的？
无端端的被万燝这么中伤，魏忠贤自然气得跳脚大骂，从此以后，心里便牢牢记住了“万燝”这个名字，准备报复这个胡乱咬人的东林小人。这个念头一点也不为过，只要是个人，被别人这么胡说八道，换谁都要报复。
身为东林一份子，又是魏忠贤的老对头，万燝认为自己疏为叶志选讨回公道，责无旁贷。而且眼见皇圣旨一下，朝中官员大多噤口，一时呈现万马齐喑的景象，对东林十分不利。再加**星和左光斗因江西党人的参劾被皇下旨听审，他心中更不是滋味，只觉再不有所作为，东林党便将被魏忠贤一个个的削弱，最后被他逐出朝堂。
魏阉口衔天宪，自提督东厂，已是生杀大权在握，此时不除，祸患大焉
激愤之下的万大人想到了战国时燕国大臣邹衍，邹忠心为国，可燕惠王却把他囚禁，邹衍入狱时仰天大哭，时逢夏天，居然下起霜来了，后来世人常用六月飞霜来表示冤狱。他又想起了汉朝景帝时被错杀的忠臣晁错，及那“清君侧”的典故，于是他决定顶风疏，冒死舍身“为国除害”。
真所谓舍得一身剐，敢把大阉拉下马
万燝原本是想在皇朝时出班弹劾的，但不想皇今天又不朝，于是他全将奏疏递到了通政司衙门。在这疏中，他先是痛骂东厂擅杀朝廷官员，视法纪于无度，强烈要求东厂交出杀人凶手袁大海，尔后话锋一转便痛斥魏忠贤对修建先帝的陵寝毫不心，接着向皇指出利害，人主有政权有利权，都不可委于臣下，更何况像魏忠贤这样的刑余寺人？今忠贤已窃取了陛下的权利，致使内廷外朝只知有忠贤，而不知有陛下，陛下还不觉悟吗，还可一日留在左右吗？
……………
万燝的奏章和袁大海是同时到的司礼监，司礼监当值的太监连忙找到了王体乾，王体乾一看，连忙去找魏忠贤，读给他听，魏忠贤一听，气得身子直哆嗦，骂道：“一个小小的曹郎，也敢一而再再而三在我头顶拉屎撒尿？”见袁大海也在，赞道：“你说得对，就该对他们施廷杖”
“这等狂徒，不施以廷杖万不能让其收心，属下请千岁即刻动用廷杖击毙这等胡言之辈”
袁大海心里高兴，万燝这奏疏内容写得太他娘的好了，前面说要杀自己，后面却又把矛头对准魏忠贤，这就使得自己和魏忠贤绑在一起，你杀谁都不行
“怕是现在不行，唉，皇正难过着，要是动用廷杖，怕皇心里更不好受”
不过魏忠贤此时却突然犹豫了起来，神情也好像很难过的样子，这让袁大海很是奇怪，天启有什么不好受的？
一旁王体乾叹口气告诉他：“昨天夜里，皇二子病殁了，皇今儿可不是我们劝的不朝，而是痛心之下无法朝会。”
“皇原有二子，皇长子生下不久便夭亡了，如今次子又病殁，皇十分难过，一夜未睡，若是这个时候把那万燝拖去廷杖，怕有人会说伤天和啊”魏忠贤也有些苦恼。
皇二子死了？魏公公，不会是你干的？
后世多说天启的儿子都是魏忠贤干掉的，所以袁大海下意识便想到是不是魏忠贤害的皇二子，但见魏神情不似作伪，确是十分难过，不由有些动摇这个想法。
儿子刚死，皇帝就动用廷杖处置外臣，是有些不像话。但不动用廷杖，那些家伙嗡嗡嗡的赤搏而，也不是什么好事。
哎，有了
袁大海眼珠一转，心说这不正是激怒天启的好机会吗于是他装作悲痛的样子，对魏忠贤说：“小王子不幸薨逝，宫中谁不哀伤？可万燝他偏偏在这时疏，说了皇和千岁的许多不是，王公公正应该给皇念念才是”说完有些汗颜：自己是不是？
“嗯？”
见袁大海朝王体乾手中那道奏章瞥了瞥，魏忠贤恍然大悟，两眼一咪，微一点头。当下拉着王体乾便去找天启，王体乾取了万燝奏疏中一些说了天启的给念头了起来，魏忠贤又在给旁白添了些内容，此时天启正处于丧子之痛中，一听外臣不仅不体恤他的痛苦，反而还要来烦他，不禁大怒，降旨道：
“皇子刚刚薨逝，万燝便来冒犯喧扰，好生狂悖，命锦衣卫拿来午门前，杖一百，革职为民，永不叙用”