木叶年，宇智波夏岁，那一年大蛇丸进攻木叶，宇智波夏趁机潜入木叶，记下了封印之书的禁术。
趁着大蛇丸制造起的骚乱，宇智波止水和宇智波夏联手，干掉了木叶之暗——团藏，从他手里抢回了大量写轮眼以及宇智波止水的万花筒。
宇智波夏从团藏手里得到了关于柱间细胞的研究资料以及样品。
接下来的时间，宇智波夏主动加入晓，顶替了大蛇丸之前的位置。
宇智波夏一边帮长门抓捕尾兽，一边开始了对柱间细胞的研究。
在长门死亡之后，完成了柱间细胞的研究，避免了过度使用万花筒导致眼瞎。
接下来发生的事情跟原著差不多，宇智波带土引发第四次忍界大战，和兜秽土转生出大量“死者”。
在宇智波止水的掩护下，宇智波夏杀死了宇智波带土，但在黑绝这个家伙的操纵下，还剩下最后一口气的带土使用轮回天生之术，复活了宇智波斑。
宇智波斑复活，宇智波夏和宇智波止水还有其他人陷入了苦战，宇智波夏被宇智波斑掏走了一只眼睛。
失去了一只写轮眼，宇智波止水把自己的那一只“别天神”眼睛交给宇智波夏，单眼进化到了永恒万花筒，瞳力变得更加强大。
忍界大军和六道斑苦战，黑绝偷袭宇智波斑，辉夜复活成功，为了掩护鸣人佐助封印辉夜，宇智波夏死亡。
最后的结局，宇智波一族剩下宇智波止水还有宇智波佐助，宇智波夏勉强算是活到了大结局。
宇智波夏整理一下自己“生前”的记忆，然后便起身，检查自己的身体状态以及物品。
“身体的状态似乎回到了我，的时候，我的眼睛怎么变成这样了？”
宇智波夏拿出一把苦无，通过金属的反射看到了自己的右眼依旧是永恒万花筒的图案，而自己的左眼变成了三勾玉。
“一个瞳术，那也够用了，“掉级”总比死掉好。”
宇智波夏自我安慰道。
宇智波夏看了看四周，打算去看看这个世界到底是哪个世界，能够复活，这次他会更加珍惜自己的生命。
宇智波夏看着天上的太阳，决定往那个方向走，走到森林的尽头，看到了茫茫大海。
“没路了吗？看来的掉头了。”
宇智波夏看了一眼蔚蓝的大海，转头就往相反的方向走。
在以逛街的速度走了一个多小时之后，宇智波夏终于看到了有人来往的村落。
宇智波夏拿出苦无看了看自己的样貌，跟宇智波泉奈有七分想像，只不过不是刺猬头，而是和鼬一样，像是用过“飘柔”的柔顺到肩短发。
宇智波夏把额头上刮了一横的忍者护额取了下来，然后把它丢到身后的树林，和过去的自己做了告别，朝着眼前的村庄走了过去。
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